Su nacimiento fue la inocentada de 1872 para D.ª Carmen Nessi y para D. Serafín, matrimonio residente en San Sebastián. Era el benjamín de tres hermanos. Bastante más tarde, nacería Carmen.

Tanto la familia de D.ª Carmen como la de D. Serafín estaban muy relacionadas con el mundo de la imprenta y del periodismo. D. Serafín era liberal, ejercía de periodista y, por titulación y profesión, era ingeniero de minas. Por sus cometidos profesionales, tuvo que moverse por toda España, lo que provocó que nuestro protagonista recorriera todo el país y se aficionase al noble arte de viajar.

Mal estudiante, y no por falta de cacumen, tímido, retraído, de mal carácter e hipercrítico, no le atraía ninguna profesión; lo único que le gustaba era escribir. Para satisfacción suya, se libró del servicio militar, que le asqueaba. En 1894, se doctoró en Medicina en la Universidad de Madrid, en 1894, con una tesis titulada: El dolor, estudio psicofísico.

En ese mismo año, se trasladó a Cestona. Sin embargo, no le gustaba la profesión y acabó tarifando con todo bicho viviente: el otro médico, el alcalde, el cura y con  los católicos del lugar, cosa, por otra parte, lógica, porque era ateo. Así que dejó el pueblo y se marchó a San Sebastián, con el firme propósito de no trabajar de médico.

Tuvo la enorme suerte de que su hermano Ricardo, escritor y pintor, estuviese, a su vez, harto de la panadería que tenía en Madrid (Viena Capellanes), heredada de su tía. Así que, allí fue a dar nuestro hombre, dispuesto a encargarse del establecimiento. En Madrid, colaboraría con diversas publicaciones, mostrando sus simpatías por las ideas anarquistas y su repulsa por el nacionalismo vasco.

Su primera novela fue Vidas sombrías (1900). Tras ella, vendría una larga serie de la que solo menciono aquí unas cuantas: La casa de Aizgorri, en el mismo año, que forma parte de la primera trilogía de Baroja, Tierra vasca, con El mayorazgo de Labraz (1903) y Zalacaín el aventurero (1909). La vida fantásica, su segunda trilogía, en la que plasma su individualismo anarquista y su pesimismo, está formada por Aventuras inventos y mixtificaciones de Silvestre Paradox (1901), Camino de perfección (1902) y Paradox Rey (1906). La obra que lo hizo más famoso fuera de España es La lucha por la vida, trilogía que describe los bajos fondos de Madrid: La busca (1904), Mala hierba (1904) y Aurora roja (1905). En 1911 publicó El árbol de la ciencia, probablemente, su mejor novela. Entre 1913 y 1935 se publicó la novela histórica Memorias de un hombre de acción, en 22 volúmenes, basada las andanzas de Eugenio de Avinareta, antepasado del autor, conspirador que vivió en el País Vasco en la época de las Guerras carlistas.

En 1935, ingresó en la Real Academia Española. Durante la Guerra Civil, emigró a Francia, a causa de las amenazas recibidas de algunos carlistas. En 1940, regresó. La censura le impidió la publicación de Miserias de la guerra, sobre la Guerra Civil, y de A la desbandada, continuación de aquella. Entre 1944 y 1948 aparecieron sus Memorias, de gran interés para el estudio de su vida y su obra. En total, publicó más de cien libros.

Pío Baroja y Nessi murió el 30 de octubre de 1956, hace hoy 50 años. Fue enterrado, según su voluntad, en el cementerio civil, como ateo, a pesar de las presiones que recibió Julio Caro Baroja, su sobrino, para que incumpliese la voluntad de su tío: era una afrenta en toda regla para la España oficial de la época.